Strukturę organizacyjną Prokuratury Apelacyjnej określa Zarządzenie Nr 13/2010 Prokuratora Apelacyjnego w Rzeszowie z dnia 15 kwietnia 2010 roku. Prokuraturę Apelacyjną w Rzeszowie tworzą:

• Prokurator Apelacyjny i Zastępca Prokuratora Apelacyjnego;
• Wydział I Organizacji Pracy Prokuratur;
• Wydział II Postępowania Sądowego;
• Wydział IV do spraw Wizytacji i Okresowej Oceny Prokuratorów;
• Wydział V do spraw Przestępczości Zorganizowanej i Korupcji;
• Wydział VI Budżetowe-Administracyjny;
• Samodzielny Dział do spraw Ochrony Informacji Niejawnych;
• Samodzielne stanowisko - starszy inspektor do spraw obronnych;
• Samodzielne stanowisko - audytor wewnętrzny;
• Sekretariat Prokuratury Apelacyjnej.